Sau khi đậu bằng tiến sĩ năm 1933, Ruska tiếp tục nghiên cứu trong lãnh vực quang học điện tử, ban đầu ở hãng Fernseh Ltd tại Berlin-Zehlendorf, sau đó từ năm 1937 ở công ty Siemens-Reiniger-Werke AG. Tại công ty Siemens, ông tham gia vào việc triển khai sản xuất thương mại kính hiển vi điện tử đầu tiên năm 1939. Ngoài việc phát triển công nghệ kính hiển vi điện tử khi làm việc ở công ty Siemens, Ruska cũng làm việc ở các viện khoa học khác, và khuyến khích công ty Siemens lập một phòng thí nghiệm cho các nhà nghiên cứu ở nới khác tới làm việc, phòng thí nghiệm này ban đầu do em của Ruska là Helmut Ruska lãnh đạo, một bác sĩ y khoa đã triển khai việc áp dụng kính hiển vi điện tử trong nghiên cứu sinh học và y học.

Sau khi rời khỏi công ty Siemens năm 1955, Ruska làm giám đốc "Phân ban kính hiển vi điện tử" của viện nghiên cứu Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft cho tới năm 1974, đồng thời ông cũng làm giáo sư ở Đại học Kỹ thuật Berlin từ năm 1957 tới khi nghỉ hưu năm 1974.

In 1986, ông được thưởng ½ giải Nobel Vật lý cho nhiều thành tựu về quang học điện tử. Gerd Binnig và Heinrich Rohrer mỗi người đoạt ¼ giải còn lại.

Ông từ trần tại Tây Berlin năm 1988.